sexta-feira, 20 de abril de 2012

Systems Biology Lectures

Systems Biology (Biologia de Sistemas, ou Biologia Sistêmica) é o nome que se dá à maneira de estudar e compreender os fenômenos biológicos não como fatos isolados, mas como a interação de vários fatores. Apesar de parecer um curso puramente biológico, a disciplina envolve muito de estatística e computação.



Aqui estão os links dos videos de um curso de Systems Biology, pelo Prof. Uri Alon, do Weizmann Institute of Science. Clique no video abaixo para ver a aula 1.




Aula 2: http://www.youtube.com/watch?v=w7oaCxaKfcA
Aula 3: http://www.youtube.com/watch?v=7AS4mW4Qwl0
Aula 4: http://www.youtube.com/watch?v=3pPgPyS5ceQ
Aula 5: http://www.youtube.com/watch?v=YGB0OblGQ00
Aula 6: http://www.youtube.com/watch?v=GoE-k3-8W1E
Aula 7: http://www.youtube.com/watch?v=nJLu6GuCE0Q
Aula 8: http://www.youtube.com/watch?v=PxjibEIs3MY
Aula 9: http://www.youtube.com/watch?v=yzQdxNSJXik

sexta-feira, 13 de abril de 2012

Aulas de Computação na Udacity

PETER NORVIG
A partir de 16 de abril, a Udacity vai oferecer quatro novos cursos, e oferecer novamente CS101: Building a Search Engine e CS373: Programming a Robotic Car. Todos que quiserem podem acompanhar as aulas.

Inscrições para todas as turmas estão disponíveis em 
http://www.udacity.com



Disciplinas novas


CS212: The Design of Computer Programs
Peter Norvig vai ajudar os alunos a desenvolver um bom gosto como programadores aprendendo como identificar soluções elegantes para os problemas.



STEVE HUFFMAN
CS253: Web Application Engineering
Ministrado por Steve Huffman, co-fundador do Reddit.com e Hipmunk.com, este curso irá abranger as coisas que ele gostaria de ter aprendido ao iniciar seus sites, enquanto ele ensina os alunos a construir um blog.

CS262: Programming Languages
Wes Weimer, professor da Universidade de Virgínia, vai ensinar os alunos sobre linguagens de programação no contexto da construção de um navegador web. Os alunos vão aprender a entender de HTML e javascript de dentro para fora, escrevendo um programa que os compreenda.

CS387: Applied Cryptography

O professor da Udacity David Evans vai ensinar aos alunos os fundamentos matemáticos por trás da criptografia e ver como ela é usado para resolver problemas de computação. É tudo sobre como fazer e quebrar quebra-cabeças!

Udacity








quarta-feira, 4 de abril de 2012

ENADE Computação 2011 (prova, gabarito e padrão de respostas)

Olá pessoal!

É possível baixar a prova do ENADE (Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes) 2011 junto com o gabarito e os padrões de respostas.



Basta clicar nos links abaixo.

Prova: http://download.inep.gov.br/educacao_superior/enade/provas/2011/COMPUTACAO.pdf
Gabarito: http://download.inep.gov.br/educacao_superior/enade/gabaritos/2011/Enade2011_Gab_Def_Computacao.pdf
Padrões de respostas: http://download.inep.gov.br/educacao_superior/enade/padrao_resposta/2011/COMPUTACAO.pdf

O ENADE é uma prova elaborada pelo Ministério da Educação para avaliar as Instituições de Ensino Superior no Brasil. Para saber mais sobre o ENADE, clique aqui.

É possível baixar provas de outras áreas aqui: http://portal.inep.gov.br/provas-e-gabaritos

quarta-feira, 22 de fevereiro de 2012

Cursos de Bioinformática on-line

Oi pessoal.

Criei este post para colocar constantemente links de aulas on-line de Bioinformática. São páginas de cursos que foram ou estão sendo ministrados tanto em faculdade brasileiras quanto de fora. Os cursos indicam uma vasta quantidade de livros e exercícios.

Aproveitem!

Imagem: http://cores.montana.edu/index.php?page=bioinformatics-core-facility 

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Livros do NCBI

Cursos do NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/minicourses/

Brief introduction to Bioinformatics - Sandra Porter, Science Blogs
http://scienceblogs.com/digitalbio/2007/10/its_time_for_bioinformatics_cl.php

Network Algorithms for Biology - Universidade de Mariland
http://www.cs.umd.edu/class/fall2009/cmsc858l/lectures.html

Biologia Computacional - Universidade de Washington
http://www.cs.washington.edu/education/courses/cse527/11au/notes.html

Computational Gene Finding and Genome Assembly - Universidade de Mariland
http://www.cbcb.umd.edu/confcour/CMSC828H.shtml

Bioinformatics for Metagenomics - Universidade de Mariland
http://cbcb.umd.edu/confcour/CMSC858E.shtml

Integrative Bioinformatics & Genomics - Universidade de Amsterdã
http://www.ibi.vu.nl/teaching/masters/ibi_genomics/

Programming & Statistical Modeling in R - Universidade de Harvard
http://isites.harvard.edu/icb/icb.do?keyword=k84377

Introduction to Computational Biology and Bioinformatics - Universidade de Harvard
http://isites.harvard.edu/icb/icb.do?keyword=k84348

Genômica - Instituto de Biociências - Universidade de São Paulo
https://gate.ib.usp.br/GateWeb/?q=pt-br/content/curso-g%C3%AAnomica-2012

Laboratório de Processamento de Informação Biológica - USP (Ribeirão Preto)
http://labpib.openwetware.org/Teaching.html

Biologia
http://www.khanacademy.org/ (dica do amigo Silveira Neto)
http://www.youtube.com/user/bozemanbiology/videos (dica do amigo Silveira Neto)


Obs.: Essa página se manterá em constante atualização.


segunda-feira, 5 de dezembro de 2011

Como concatenar strings no R (como o join, no Python)

Tentando concatenar elementos de um vetor de strings (character) de forma a criar uma só string, deparei-me com a função paste.

A documentação do R mostra o seguinte, para a função:

------------------------------------------------------

Description

Concatenate vectors after converting to character.

Usage

paste(..., sep = " ", collapse = NULL)

Arguments

...one or more R objects, to be converted to character vectors.
sepa character string to separate the terms. Not NA_character_.
collapsean optional character string to separate the results. Not NA_character_.



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Mesmo com a descrição, talvez ainda cause confusão a diferença exata entre os argumentos sep e collapse.

No exemplo da documentação, é mostrado o comando


paste("A", 1:6, sep = "")


que gera o seguinte resultado:


[1] "A1" "A2" "A3" "A4" "A5" "A6"


De forma parecida, o comando


paste("A", 1:6, sep = "_")


gera o resultado:



[1] "A_1" "A_2" "A_3" "A_4" "A_5" "A_6"



O problema é que eu gostaria de unir todos os elementos de um vetor em uma string só, como o comando join faz no Python.

Exemplo (em Python):
>>> x = ['1', '2', '3', '4', '5', '6']
>>> print 'bla'.join(x)
1bla2bla3bla4bla5bla6

Ou seja, o join une os termos de x separando-os pela string passada (no caso, 'bla').

Para fazer de maneira semelhante, com o paste, você deve usar o argumento collapse, e não o sep.
A principal diferença é que o sep é um separador usado na concatenação de cada termo. Já o collapse serve para unir todos os termos.

Veja a diferença:

> paste("A", 1:6, sep = '*')
[1] "A*1" "A*2" "A*3" "A*4" "A*5" "A*6"
> paste("A", 1:6, collapse = '*')
[1] "A 1*A 2*A 3*A 4*A 5*A 6"

Dessa forma, para fazer o paste ter a mesma função do join, use o collapse, e não o sep.


É isso. Espero que o post ajude!

segunda-feira, 24 de outubro de 2011

Luto - Morre John McCarthy, pioneiro da Inteligência Artificial



John McCarthy, pioneiro da Inteligência Artificial (Foto: null0/CC-BY-SA-2.0)

John McCarthy, pioneiro da Inteligência Artificial



O matemático e pesquisador da área de ciências da computação John McCarthy, responsável pela criação do termo “inteligência artificial” e inventor da linguaguem de programação Lisp, morreu no último domingo (23) em Palo Alto, na região da Califórnia conhecida como Vale do Silício. A notícia foi divulgada pelo jornalista e escritor Steven Levy, editor da revista Wired e especialista em tecnologia.
McCarthy, que trabalhou nas universidades de Stanford e no Massachusetts Institute of Technology (MIT), tinha 85 84 anos. Não há detalhes sobre a causa de sua morte.
Considerado um dos pioneiros do desenvovimento da Inteligência Artificial, McCarthy é o pai de tecnologias como a linguagem de programação Lisp e dos sistemas de computação por tempo compartilhado, que permitiam que diversas pessoas utilizassem o poder computacional ocioso dos chamados "mainframes". Os chamados "computadores pessoais" só viriam a existir mais de dez anos depois da criação do conceito de "time sharing".
O Lisp, linguagem criada por McCarthy para facilitar o desenvolvimento da Inteligência Artificial, é uma das mais antigas ainda em uso. Sua primeira versão foi publicada em 1958, apenas um ano após a chegada do Fortran. A primeira utilização da tecnologia foi na criação de programas capazes de enfrentar seres humanos em partidas de xadrez.

Fonte: G1


Não sei se vocês se questionaram algum dia, mas John McCarthy é o senhor que aparece na foto do topo do blog. Uma homenagem por eu ter seguido sua linha de pesquisa nos primeiros anos de minha graduação, por influência do prof. Marcelino Pequeno.

terça-feira, 11 de outubro de 2011

Poscomp 2011 - prova e gabarito



No último domingo, dia 9 de outubro, ocorreu em todo o Brasil mais um Poscomp.

Algumas discussões já estão acontecendo em alguns blogs, como o do Thiago Borges sobre possíveis erros na prova.

Aqui está o link da prova: http://www.cops.uel.br/concursos/112_poscomp_2011/11201.PDF
E o gabarito: http://www.cops.uel.br/concursos/112_poscomp_2011/G11201.PDF

O que vocês acharam?

* Se souberem de mais discussões, por favor coloquem aqui.