Cursos de Bioinformática on-line

Oi pessoal.

Criei este post para colocar constantemente links de aulas on-line de Bioinformática. São páginas de cursos que foram ou estão sendo ministrados tanto em faculdade brasileiras quanto de fora. Os cursos indicam uma vasta quantidade de livros e exercícios.

Aproveitem!

Imagem: http://cores.montana.edu/index.php?page=bioinformatics-core-facility 

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Livros do NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/

Cursos do NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/minicourses/

Brief introduction to Bioinformatics - Sandra Porter, Science Blogs
http://scienceblogs.com/digitalbio/2007/10/its_time_for_bioinformatics_cl.php

Network Algorithms for Biology - Universidade de Mariland
http://www.cs.umd.edu/class/fall2009/cmsc858l/lectures.html

Biologia Computacional - Universidade de Washington
http://www.cs.washington.edu/education/courses/cse527/11au/notes.html

Computational Gene Finding and Genome Assembly - Universidade de Mariland
http://www.cbcb.umd.edu/confcour/CMSC828H.shtml

Bioinformatics for Metagenomics - Universidade de Mariland
http://cbcb.umd.edu/confcour/CMSC858E.shtml

Integrative Bioinformatics & Genomics - Universidade de Amsterdã
http://www.ibi.vu.nl/teaching/masters/ibi_genomics/

Programming & Statistical Modeling in R - Universidade de Harvard
http://isites.harvard.edu/icb/icb.do?keyword=k84377

Introduction to Computational Biology and Bioinformatics - Universidade de Harvard
http://isites.harvard.edu/icb/icb.do?keyword=k84348

Genômica - Instituto de Biociências - Universidade de São Paulo
https://gate.ib.usp.br/GateWeb/?q=pt-br/content/curso-g%C3%AAnomica-2012

Laboratório de Processamento de Informação Biológica - USP (Ribeirão Preto)
http://labpib.openwetware.org/Teaching.html

Biologia
http://www.khanacademy.org/ (dica do amigo Silveira Neto)
http://www.youtube.com/user/bozemanbiology/videos (dica do amigo Silveira Neto)


Obs.: Essa página se manterá em constante atualização.

Como concatenar strings no R (como o join, no Python)

Tentando concatenar elementos de um vetor de strings (character) de forma a criar uma só string, deparei-me com a função paste.

A documentação do R mostra o seguinte, para a função:

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Description

Concatenate vectors after converting to character.

Usage

paste(..., sep = " ", collapse = NULL)

Arguments

...	one or more R objects, to be converted to character vectors.
sep	a character string to separate the terms. Not NA_character_.
collapse	an optional character string to separate the results. Not NA_character_.

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Mesmo com a descrição, talvez ainda cause confusão a diferença exata entre os argumentos sep e collapse.

No exemplo da documentação, é mostrado o comando

paste("A", 1:6, sep = "")

que gera o seguinte resultado:

[1] "A1" "A2" "A3" "A4" "A5" "A6"

De forma parecida, o comando

paste("A", 1:6, sep = "_")

gera o resultado:

[1] "A_1" "A_2" "A_3" "A_4" "A_5" "A_6"

O problema é que eu gostaria de unir todos os elementos de um vetor em uma string só, como o comando join faz no Python.

Exemplo (em Python):
>>> x = ['1', '2', '3', '4', '5', '6']
>>> print 'bla'.join(x)
1bla2bla3bla4bla5bla6

Ou seja, o join une os termos de x separando-os pela string passada (no caso, 'bla').

Para fazer de maneira semelhante, com o paste, você deve usar o argumento collapse, e não o sep.
A principal diferença é que o sep é um separador usado na concatenação de cada termo. Já o collapse serve para unir todos os termos.

Veja a diferença:

> paste("A", 1:6, sep = '*')
[1] "A*1" "A*2" "A*3" "A*4" "A*5" "A*6"
> paste("A", 1:6, collapse = '*')
[1] "A 1*A 2*A 3*A 4*A 5*A 6"

Dessa forma, para fazer o paste ter a mesma função do join, use o collapse, e não o sep.

É isso. Espero que o post ajude!

Luto - Morre John McCarthy, pioneiro da Inteligência Artificial

John McCarthy, pioneiro da Inteligência Artificial

O matemático e pesquisador da área de ciências da computação John McCarthy, responsável pela criação do termo “inteligência artificial” e inventor da linguaguem de programação Lisp, morreu no último domingo (23) em Palo Alto, na região da Califórnia conhecida como Vale do Silício. A notícia foi divulgada pelo jornalista e escritor Steven Levy, editor da revista Wired e especialista em tecnologia.

McCarthy, que trabalhou nas universidades de Stanford e no Massachusetts Institute of Technology (MIT), tinha 85 84 anos. Não há detalhes sobre a causa de sua morte.

Considerado um dos pioneiros do desenvovimento da Inteligência Artificial, McCarthy é o pai de tecnologias como a linguagem de programação Lisp e dos sistemas de computação por tempo compartilhado, que permitiam que diversas pessoas utilizassem o poder computacional ocioso dos chamados "mainframes". Os chamados "computadores pessoais" só viriam a existir mais de dez anos depois da criação do conceito de "time sharing".

O Lisp, linguagem criada por McCarthy para facilitar o desenvolvimento da Inteligência Artificial, é uma das mais antigas ainda em uso. Sua primeira versão foi publicada em 1958, apenas um ano após a chegada do Fortran. A primeira utilização da tecnologia foi na criação de programas capazes de enfrentar seres humanos em partidas de xadrez.

Fonte: G1

Não sei se vocês se questionaram algum dia, mas John McCarthy é o senhor que aparece na foto do topo do blog. Uma homenagem por eu ter seguido sua linha de pesquisa nos primeiros anos de minha graduação, por influência do prof. Marcelino Pequeno.

Poscomp 2011 - prova e gabarito

No último domingo, dia 9 de outubro, ocorreu em todo o Brasil mais um Poscomp.

Algumas discussões já estão acontecendo em alguns blogs, como o do Thiago Borges sobre possíveis erros na prova.

Aqui está o link da prova: http://www.cops.uel.br/concursos/112_poscomp_2011/11201.PDF
E o gabarito: http://www.cops.uel.br/concursos/112_poscomp_2011/G11201.PDF

O que vocês acharam?

* Se souberem de mais discussões, por favor coloquem aqui.

O que é a Maratona de Programação?

Oi pessoal!

Estávamos devendo um post especial sobre a Maratona de Programação. Pois bem. Ei-lo aqui.
Fomos ao Instituto de Matemática e Estatística (IME) da USP durante a seletiva (2011) para a Maratona de Programação.

Além de filmarmos um pouco do evento, entrevistamos:
- Prof. Carlos Ferreira, do Departamento de Ciência da Computação da USP - um dos principais organizadores da Maratona de Programação no Brasil
- Wanderley Guimarães, doutorando no IME-USP - ex-participante e técnico tanto em Maratonas de Programação quanto na Olimpíada Brasileira de Informática, tendo ido várias algumas vezes a finais mundiais.
- Cassio de Campos - criador do BOCA

Parte 1




Parte 2 (adicionada em 11/10/2011)




Parte 3 (adicionada em 28/10/2011)

Aulas on-line da Universidade de Stanford

A Universidade de Stanford está disponibilizando 3 cursos de Ciência da Computação no 2º semestre de 2011. São eles:

Introdução a Inteligência Artificial (Introduction to Artificial Intelligence), pelos profs. Sebastian Thrun e Peter Norvig

Aprendizado de Máquina (Machine Learning), pelo prof. Andrew Ng

Introdução a Bancos de Dados (Introduction to Databases), pela profa. Jennifer Widom

As inscrições são gratuitas. A aulas começam dia 10 de outubro!

Entre nos sites e inscreva-se já!
http://www.ai-class.org/
http://www.ml-class.org/
http://www.db-class.org/

Abaixo um video sobre o curso de Aprendizado de Máquina.

Estamos preparando um post especial sobre a Maratona de Programação

Olá a todos!

No domingo dia 21 de agosto aconteceu no IME-USP a seletiva do IME para a Maratona de Programação. Fizemos algumas entrevistas com organizadores e participantes (incluindo o prof. Carlos Ferreira, o coach Wanderley Guimarães e o criador do sistema BOCA, Cássio de Campos), e estas em breve estarão aqui no blog!

Já é possível ver algumas fotos na nossa página no Facebook [facebook.com/estudarcomputacao] e esse video abaixo que mostra a preparação para uma das entrevistas.

Aguardem por mais videos!
=)